
Struktur organisasi MA Mafatihul Huda Cipari digambarkan sebagai berikut:
Kepala Madrasah dijabat oleh Muhammad Maemun, S.Pd.Si. Beliau berkoordinasi dengan Komite Madrasah, yaitu Priyono, S.H.
Di bawah Kepala Madrasah terdapat Kepala Administrasi yang dijabat oleh Annas Ma’rifan.
Terdapat empat Wakil Kepala (Wakabid) yang berada di bawah koordinasi Kepala Madrasah:
Wakabid.Kurikulum: Sholihul Umam, S.Pd
Wakabid.Kesiswaan: Arif Hidayatussurfan, S.Pd
Wakabid.Humas: Ulfa Fadikah, S.Pd
Wakabid.Sarpras: Qomarudin, S.Pd.I
Jajaran di bawah para Wakabid meliputi Wali Kelas, Guru Mapel, dan Pembina.
Struktur paling bawah adalah Siswa.
Garis putus-putus menunjukkan Garis Komando, sedangkan garis lurus menunjukkan Garis Koordinasi.
